Se si hanno due antivirus installati contemporaneamente sullo stesso computer, possono verificarsi problemi di compatibilità che possono portare a rallentamenti del sistema, errori di scansione, conflitti e addirittura a comportamenti anomali del software. Inoltre, potrebbe capitare che i due antivirus si rilevino a vicenda come minacce e si disattivino a vicenda, lasciando il computer esposto a rischi di sicurezza. In generale, molti esperti sconsigliano di utilizzare più di un antivirus contemporaneamente sullo stesso computer, consigliando invece di utilizzare un solo programma di sicurezza affidabile e di aggiornarlo regolarmente.